Andrej Babiš sa narodil v Bratislave v rodine komunistického prominenta Štefana Babiša, ktorý pracoval ako obchodný poradca pre OSN a v Európskej hospodárskej komisii.
Po skončení vysokej školy nastúpil Babiš ako referent do podniku zahraničného obchodu Petrimex Bratislava. Medzi rokmi 1985 až 1990 bol obchodným zástupcom v Maroku. V roku 1991 sa do Československa vrátil a znovu pôsobil v Petrimexe už na manažérskych postoch. Nevyhol sa však ani škandálom z minulosti, keď pôsobil v Maroku. Jeho meno sa totiž objavovalo v takzvaných Cibulkových zoznamoch. ŠtB ho vo svojich kartotékach mala viesť ako agenta pod krycím menom Bureš.
Tesne pred rozpadom Československa otvoril Petrimex na návrh Babiša kanceláriu v Prahe. Tá sa tri týždne po rozdelení pretransformovala na eseročku Agrofert so štyrmi zamestnancami a stotisíc korunami.
V súčasnosti je to obrovský holding, ktorý zahŕňa zhruba 120 firiem a Babiš pridáva ďalšie rýchlosťou priemerne jednu za mesiac. Zamestnáva viac ako 20-tisíc ľudí. Dvadsať z jeho firiem má ročné tržby vyše miliardy českých korún. Agrofert je tiež druhým najväčším vývozcom hnojív v Európe.
Americký časopis Forbes ho tento rok zaradil do rebríčka najbohatších ľudí na svete, kde zaujal s odhadovaným majetkom v hodnote jednej miliardy dolárov 937. miesto.
Údajne najbohatší Slovák Babiš má však české občianstvo.