Vyslaná policajná hliadka objavila telá novinára a jeho partnerky, ktorá pracovala ako archeologička, v nedeľu 25. februára večer. Políciu zalarmovala mama Martiny Kušnírovej, ktorá sa svojim príbuzným žijúcim v obci Gregorovce v okrese Prešov od stredy neozývala, hoci zvykla domov volať aj niekoľkokrát denne.
Pitva ukázala, že obe obete zomreli po jedinom zásahu. Jána strelil vrah do hrude, Martinu do hlavy. Neskoršia expertíza potvrdila, že obe smrtiace rany vyšli z jedinej zbrane.
Bezduché telo mladého novinára sa našlo na schodoch. Podľa policajných zdrojov sa práve vracal z pivnice, kde kontroloval nabíjanie batérie do auta. Sused, ktorý v stredu podvečer medzi piatou a šiestou priniesol Kuciakovi nabíjačku, bol tak zrejme okrem vraha posledný, kto obete videl nažive.
Kušnírová zomrela po jednom výstrele do čela, údajne vo chvíli, keď sedela v kuchyni pri počítači.