So stranou sa aj dostal prvýkrát do parlamentu, kde bol tiež náhradným členom Výboru NR SR pre európske záležitosti a overovateľom Výboru pre vzdelávanie, mládež a šport.
Získal aj prívlastok protikorupčný. Nezisková organizácia Transparency International Slovensko ho totiž zaradila na prvé miesto z poslancov za šírenie protikorupčných opatrení. Do parlamentu sa za stranu dostal aj po parlamentných voľbách 2012.
O rok neskôr však spolu s Luciou Žitňanskou a Magdou Vašáryovou zo strany vystúpil a pripisoval si označenie nezávislého poslanca. Dôvodom boli ich pochybnosti o ďalšom smerovaní strany. „Pre mňa tým zásadným dôvodom je už úplné a hlboké presvedčenie, že tá strana nastúpila na cestu HZDS,“ povedal vtedy Beblavý. Tesne po svojom odchode povedal, že sa nad vstupom do novej strany nezamýšľa.
