Je totiž hlavným veliteľom Ozbrojených síl Slovenskej republiky a jeho právomoc pokrýva takmer všetky aspekty tejto zložky.
Môže vyhlásiť vojnu na základe rozhodnutia Národnej rady, alebo ak je štát napadnutý, respektíve ak to vyplýva zo záväzkov Slovenska v medzinárodných zmluvách.
Následne môže aj nariadiť mobilizáciu ozbrojených síl, vyhlásiť vojnový stav alebo vyhlásiť výnimočný stav a ich skončenie.
V čase vojny prezidentovi Ústava umožňuje v nevyhnutnom rozsahu a na nevyhnutný čas obmedziť základné práva a slobody a uložiť povinnosti na celom území, alebo časti republiky.
