Kým prvá univerzita na území Slovenska známa ako Academia Istropolitana by tento rok oslávila 550 rokov (zanikla koncom 15. storočia), u susedov v Rakúsku majú ešte o sto rokov staršiu vzdelávaciu inštitúciu. Ktorá navyše prežila až dodnes. 12. marca 1365 ju vo Viedni založil vojvoda Rudolf IV. Habsburský.
Vzorom pre univerzitu, ktorá dostala názov Alma mater Rudolphina (podľa svojho zakladateľa) bola univerzita vo francúzskom Paríži, kde pôsobil nemecký filozof Albert (Albertus de Saxonia). Ten bol poverený založením Rudolphiny a stal sa jej prvým rektorom (vo funkcii zotrval jeden rok). Albert vymohol pre študentov a profesorov univerzity privilégiá – neplatilo sa školné a študenti boli oslobodení od služby v armáde. Univerzita mala vlastný dress-code a jej príslušníci boli subjektmi univerzitných zákonov, nad ich dodržiavaním bdel rektor. V prvom roku po vzniku mala univerzita jedinú fakultu – fakultu umení.
V stredoveku sa univerzita rozšírila o medicínsku, právnickú a teologickú fakultu. Ten, kto na nich chce študovať, musel najskôr absolvovať prípravné štúdium na fakulte umení, kde sa vyučovala gramatika, rétorika, dialektika, aritmetika, geometria, hudba a astronómia. Do roku 1783 bola vyučovacím jazykom latinčina, vtedy sa zaviedla ako povinný jazyk nemčina. Do polovice 15. storočia utešene rástol počet študentov aj vyučujúcich a univerzita sa stala najväčšou (podľa počtu študentov) v Svätej rímskej ríši. Školu však priviedlo takmer k zániku turecké obliehanie Viedne (1529) ale aj morové epidémie v 16. storočí. V jednom období tam študovalo len 30 študentov.
Po revolučných rokoch 1848-1849 prebehla na univerzite reforma, prísne štátne pravidlá sa uvoľnili a začal sa klásť väčší dôraz na výskum. Z roku 1867 pochádza 17. článok rakúskej ústavy hovoriaci o tom, že veda a výskum sú slobodné (Wissenschaft und Lehre sind frei), ktorý platí aj na univerzitnej pôde dodnes. Ženy sa mohli na univerzitu zapísať až v roku 1897, aj to len na filozofickú fakultu, na ďalšie fakulty neskôr. V roku 1914 dostal prvý absolvent Viedenskej univerzity Nobelovu cenu. Bol to Robert Bárány, ktorý sa takto dočkal ocenenia svojej práce v oblasti medicíny.