Nitriansky dres si Miroslav Stoch prvýkrát obliekol v roku 1997, keď reprezentoval na žiackom turnaji v rakúskom Parndorfe. V kabíne nitrianskeho A-mužstva absolvoval svoju premiéru na jeseň 2004. Vtedy Nitra bojovala o postup do najvyššej súťaže -- svojim spoluhráčom však Stoch nemohol pomôcť, pretože ešte nedovŕšil limit 16 rokov, ktorý dovoľuje nastúpiť za mužov. Svojho debutu sa Miroslav Stoch predsa len dočkal: nastúpil v treťom kole Slovenského pohára proti Dubnici (2:1). K pohárovému štartu ešte pridal tri ligové, a to proti Trnave, Žiline a majstrovskej Petržalke. V apríli 2006 podpísal zmluvu s licenčným agentom FIFA Milanom Lednickým, ktorý mu otvoril dvere do zahraničných futbalových klubov. Najprv sa Miroslavovi Stochovi ponúkala možnosť prestúpiť do francúzskeho Nice, ktorý mal o neho eminentný záujem. Prišla však ešte lukratívnejšia ponuka zo Stamford Bridge, ktorá sa už nedala odmietnuť. Stal sa tak prvým Slovákom, ktorý obliekol dres slávneho klubu Chelsea Londýn.