Dodávky bavlny z južanských štátov boli pozastavené. Podnikateľ sa v tomto spore jednoznačne postavil na stranu Únie. Dokonca poskytol svoj najväčší parník pre jej námorníctvo, aby mu pomohol v boji proti vojskám Konfederácie. Financoval tiež vojenské výpady do Lousiany.
V slávnom českom filme Marečku, podejte mi pero padla medzičasom zľudovená hláška, že 19. storočie bolo storočím pary. Túto vetu potvrdzuje už len zbežný pohľad na Vanderbiltov úspech v biznise. Popri parníkoch tvorila práve para hlavný pohon aj v prípade jeho vlakov. Parná železnica postupne poprepájala celý Manhattan, ako aj ďalšie obvody New Yorku a stúpala na rebríčku najdôležitejších spôsobov dopravy v meste.
Vanderbilt si veľmi dobre uvedomoval jej potenciál a začal opúšťať lodný biznis. V roku 1864 predal svoj posledný parník a naplno sa vrhol na železnice. Postupne získal kontrolu nad týmto segmentom nielen v New Yorku, ale aj ďalších amerických štátoch a mestách. Dokonca sa stal dôležitým hráčom aj na kanadských železniciach.
Bol to práve Vanderbilt, kto na prelome 60. a 70. rokov 19. storočia inicioval výstavbu veľkej železničnej stanice Grand Central Depot v srdci Manhattanu. Na jej mieste vyrástla v roku 1913 stanica Grand Central Terminal, ktorá je dodnes dôležitým dopravným uzlom New Yorku. Známa je i z množstva filmov odohrávajúcich sa v New Yorku. Pred jej južnou fasádou stojí veľká socha Vanderbilta. V rámci objektu sa nachádza aj Vanderbiltova hala, ktorá sa často využíva na rôzne umelecké podujatia ako výstavy obrazov či hudobné koncerty.
Cornelius Vanderbilt bol mimoriadne plodný aj v rodinnom živote. Mal dovedna 13 detí. Po smrti manželky Sophie v roku 1868 sa Cornelius presťahoval do Kanady. Vďaka svojej druhej žene Frank Armstrong Crawfordovej sa jeden z najbohatších Američanov tých čias začal venovať charite. Jeden milión dolárov daroval na výstavbu univerzity v Nashville v štáte Tennessee. Táto univerzita dodnes nesie jeho meno.
Vanderbilt významnými finančnými darmi podporoval aj Moravskú cirkev, ktorá vznikla na území dnešného Česka po smrti Jana Husa. Vďaka Vanderbiltovým peniazom postavili v New Yorku farský kostol tejto cirkvi a zriadili jej cintorín na Staten Islande. A práve na ňom Vanderbilta po jeho smrti začiatkom roka 1877 pochovali.
Dnes je po Vanderbiltovi pomenované množstvo inštitúcií, ulíc či ďalších vecí v Spojených štátoch. Vanderbiltova univerzita v Nashville sa stará o šírenie jeho odkazu. Platí to aj dnes, keď sa táto vzdelávacia inštitúcia angažuje v boji proti rasizmu a za práva černochov či ďalších menšín.