Postupne prevzal kontrolu nad finančnými záležitosťami spoločnosti a stal sa jej obchodným manažérom. Práve v tom čase si uvedomil nedostatok svojho formálneho vzdelania. Začal si ho dopĺňať nielen v ekonomickej, ale aj právnickej oblasti. Gibbonsovu spoločnosť potom zastupoval na rôznych schôdzkach, kde sa riešili legislatívne záležitosti. Tie sa týkali predovšetkým sporov o monopol na prepravné služby vo vodách New Yorku.
Keď Gibbons v roku 1826 zomrel, Cornelius ešte tri roky pracoval pre jeho syna. V roku 1829 sa však naplno začal venovať svojmu vlastnému biznisu. Tridsiate roky 19. storočia sa pre jeho firmu niesli v znamení spúšťania nových a čoraz dlhších pravidelných lodných liniek. Po Gibbonsovi prevzal spojenie medzi New Yorkom a New Jersey. Nasledovala linka do Albany a s úspechom sa stretla aj preprava po newyorskej rieke Hudson.
Prvá polovica 19. storočia bola poznamenaná pokračujúcou priemyselnou revolúciou, ktorej centrom bol popri Londýne práve New York. Na celom východnom pobreží Spojených štátov vznikali stovky malých firiem prevažne textilného zamerania. Tie na výrobu odevov a iných textílií potrebovali bavlnu, ktorá sa v USA pestovala predovšetkým na plantážach v štátoch na juhu krajiny. Mnohé z nich boli priamo napojené na otrokárske firmy, ktoré zabezpečovali pracovnú silu na plantážach.
Bavlna sa z Alabamy, Mississippi, Lousiany a ďalších južanských štátov prevážala do New Yorku loďami. Vanderbilt si však uvedomil, že jej preprava z New Yorku do Bostonu a ďalších miest Nového Anglicka bude oveľa rýchlejšia a efektívnejšia iným spôsobom prepravy – po železnici. Po tom, ako ovládol prakticky celý parníkový biznis v New Yorku, sa preto začal zaoberať výstavbou železničnej siete spájajúcej veľké mestá na východnom pobreží.
Spolu s rozvojom železničných aj lodných spojení raketovo rástol aj Vanderbiltov majetok. Ten investoval aj do ďalších, menších odvetví. Vo veľkom napríklad nakupoval pozemky či nehnuteľnosti na Manhattane a Staten Islande.