V kresle ministra obrany sa začali aj jeho prvé problémy. Konkrétne škandál v roku 1982, keď v podstate na vlastnú päsť viedol izraelskú vojenskú inváziu do Libanonu. Jej výsledkom boli masakry civilistov v palestínskych utečeneckých táboroch Sabra a Šatíla libanonskými falangistami. Šarona neskôr označili za vinného, keďže im svojou nepredvídavosťou a nedbanlivosťou nedokázal zabrániť.
Masakra v Libanone zastavila ďalšiu vojenskú kariéru Ariela Šarona. V nasledujúcich rokoch sa venoval straníckej aj vládnej politike. Prešiel kreslami ministra priemyslu, výstavby, energetiky či zahraničných vecí.
