Zlom priniesol rok 2000, keď Šaron navštívil Chrámovú horu v Jeruzaleme, posvätné miesto moslimov. Vyvolal tým hnev Arabov, ktorý postupne prerástol do druhej intifády, teda povstania Palestínčanov proti Izraelu. To si za päť roov trvania vyžiadalo životy piatich tisícok Palestínčanov a viac ako tisíc Izraelčanov.
O rok neskôr sa Ariel Šaron ako šéf Likudu po úspešných voľbách stal izraelským premiérom. Jeho vláda bola poznačená najmä intifádou a bojom proti palestínskym radikálom. Preslávil sa tvrdým postupom proti extrémistom, ale i tým, že v jeho vláde vôbec prvýkrát v dejinách Izraela zasadol arabský minister.
