Za to sa Spiegel dočkal tvrdej odvety úradov. Vedenie časopisu obvinili z vlastizrady, u viacerých redaktorov vykonali domové prehliadky. Za mrežami skončil Augstein s dvoma zástupcami aj autor článkov. Po protestoch ľudí po celej krajine sa koaličná Slobodná strana Nemecka rozhodla stiahnuť z vlády svojich piatich ministrov.
Koaličná kríza sa napokon predčasnými voľbami neskončila. Kresťanskí demokrati vytvorili vôbec prvú takzvanú veľkú koalíciu so sociálnymi demokratmi. Takáto koalícia vládne v Nemecku aj dnes pod vedením kancelárky Angely Merkelovej. Pre ňu ide o tretiu vládu z jej celkovo štyroch doterajších funkčných období v kresle kancelárky, kde má za koaličného partnera práve Sociálno-demokratickú stranu Nemecka.
V každom prípade, Aféra Spiegel sťala Adenauerovu hlavu. Toho na čele vlády vystriedal na jeseň 1963 ďalší kresťanský demokrat a exminister hospodárstva Ludwig Erhard.